Existe un bug en Ubuntu 12.04 por el cuál, si usas «halt» para detener el equipo, el sistema operativo se «cierra» (es decir, detiene los procesos ordenadamente, cierra los ficheros abiertos, sockets, etc.) pero no se apaga el equipo (tienes que darle al botoncito 4 segundos para que se apague completamente).

La solución es fácil: usa «shutdown -h -y now» en lugar de «halt». Ya está ;-).